Đại hội đại biểu Đảng bộ Ban Cơ yếu Trung ương lần thứ 3 nhiệm kỳ 1986-1988 được tổ chức tại Hà Nội diễn ra từ ngày 25-27/9/1986. Đồng chí Trần Hữu Đắc, Ủy viên Trung ương Đảng, Phó Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Bí thư Đảng ủy Khối 1 cơ quan Trung ương dự và phát biểu chỉ đạo Đại hội.

Từ những ngày đầu thành lập, tổ chức cơ yếu đã trải qua nhiều thăng trầm, thay đổi để thích ứng với tình hình mới. Cơ cấu tổ chức hệ thống cơ yếu như một cỗ máy tinh vi, không ngừng được hoàn thiện để đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của công tác bảo vệ an ninh quốc gia. Trong lịch sử 79 năm, các dấu mốc quan trọng tiêu biểu của ngành Cơ yếu Việt Nam về ngày 09 tháng 9 đều liên quan đến việc ban hành các quyết định về cơ cấu tổ chức.

Trước nhu cầu công tác ngày càng phát triển, xét cần phải thống nhất lãnh đạo công tác Cơ yếu của các ngành: Đảng, Chính quyền, Quân đội để đảm bảo hoàn toàn việc giữ bí mật trong việc liên lạc bằng mật mã ở trong nước và ngoài nước, ngày 21/7/1956, Ban Bí thư Trung ương Đảng đã ra nghị quyết thành lập Ban Cơ yếu Trung ương.