Đại hội đại biểu Đảng bộ Ban Cơ yếu Trung ương lần thứ 3 nhiệm kỳ 1986-1988 được tổ chức tại Hà Nội diễn ra từ ngày 25-27/9/1986. Đồng chí Trần Hữu Đắc, Ủy viên Trung ương Đảng, Phó Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Bí thư Đảng ủy Khối 1 cơ quan Trung ương dự và phát biểu chỉ đạo Đại hội.

Từ ngày mùng 5 đến ngày mùng 7/8/2015, Đại hội đại biểu Đảng bộ Ban Cơ yếu Chính phủ lần thứ 9 nhiệm kỳ 2015-2020 đã tổ chức tại hội trường Ban Cơ yếu Chính phủ. Đồng chí Thượng tướng Ngô Xuân Lịch, Bí thư Trung ương Đảng, Ủy viên Thường vụ Quân ủy Trung ương, Chủ nhiệm Tổng cục Chính trị Quân đội nhân dân Việt Nam dự và phát biểu chỉ đạo Đại hội.

Từ ngày 29 đến 31/7/2020, tại Hà Nội, Ban Cơ yếu Chính phủ đã tổ chức Đại hội Đại biểu Đảng bộ Ban Cơ yếu Chính phủ lần thứ X, nhiệm kỳ 2020 - 2025. Thượng tướng Phan Văn Giang, Ủy viên Trung ương Đảng, Ủy viên Thường vụ Quân ủy trung ương, Tổng Tham mưu trưởng quân đội nhân dân Việt Nam, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng đã tới dự và phát biểu chỉ đạo.